林业科学研究

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大别山不同龄级映山红种群遗传多样性的SSR分析

王书珍, 张霖, 杨雯, 罗滢, 郑壮, 方元平, 项俊, 金卫斌

2018, 31(5): 125-130. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2018.05.017

关键词: 映山红, 年龄级, 遗传多样性, 遗传结构, 微卫星

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基于锦绣杜鹃花蕾转录组的SSR标记开发及应用

王书珍, 张羽佳, 黄诗颖, 罗炎炎, 金正强, 李志良, 金卫斌

2019, 32(3): 97-104. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2019.03.013

关键词: 锦绣杜鹃, 转录组测序, 微卫星, 遗传多样性, 跨物种扩增

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目的探究锦绣杜鹃（Rhododendron pulchrum Planch.）EST-SSR的类型、分布频率和分布特征，开发有效的SSR标记，并验证其在遗传多样性研究和跨物种转移中的应用潜力。方法采用RNA-seq技术对锦绣杜鹃‘紫鹤’品种的花蕾进行转录组测序，MISA软件对组装的unigenes内部的SSR位点进行检索，分析其类型、分布频率。利用Primer 3.0软件设计引物，并对锦绣杜鹃群体和其近缘种映山红群体进行多样性检测，利用POPGENE-PC 2.2软件计算等位基因数、有效等位基因数、多态性位点百分率、Shannon's信息指数、Nei氏多样性指数、观察杂合度、期望杂合度等参数。结果锦绣杜鹃‘紫鹤’花蕾转录组共有49 527个unigenes（43 766 249 bp），从中筛选出16 120个SSR位点（24.46%），发生频率为1·（2.7 kb）^-1。微卫星的重复次数主要集中在5~24次之间，二核苷酸发生频率最高（9 624个，59.70%），其次是单核苷酸（3 738个，23.19%），频率最低的为五核苷酸（42个，0.26%）。频率最高的重复基序有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AGG/CCT、ACC/GGT、AGC/GCT、AAAG/CTTT、AAGAG/CTCTT、AGAGGG/CCCTCT等。选用13个多态性SSR标记对锦绣杜鹃群体进行PCR扩增，共得到71个等位基因，平均每个位点3~9个；有效等位基因数在各SSR位点之间变化范围为1.684~5.930；观察杂合度H_O和期望杂合度H_E的变化范围分别为0.000~1.000和0.433~0.848，平均值分别为0.696±0.426和0.705±0.129；Shannon's信息指数I和Nei氏多样性指数h的变化范围分别为0.736~1.961和0.406~0.831，平均值分别为1.376±0.339和0.683±0.131。此13个标记在映山红群体中的跨物种扩增成功率为100%，并反映出丰富的遗传多样性。2个群体间的遗传差异93.4%存在于群体内部。结论基于AG/CT重复基序开发的13个SSR标记具有高度的多态性，为后续杜鹃花属植物的遗传多样性研究、遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助育种等研究奠定了基础。大别山野生映山红资源具有较高的遗传多样性，且杂合度过剩，遗传变异主要发生在群体内部。

杉木连栽氨氧化古菌群落结构与硝态氮含量的关系

陈雯雯, 王淑真, 姜宇杰, 周垂帆

2023, 36(2): 79-90. doi: 10.12403/j.1001-1498.20220369

关键词: 杉木人工林, 地力衰退, 硝态氮, 氨氧化古菌, 土壤酶, 连栽代数

[摘要]()

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